معماری داخلی این کاروانسرا به مانند دیگر کاروانسراها هر طول ضلع آن 35 متر است. این کاروانسرا در بین راه شهر تاریخی و باستانی آباده و اصفهان قرار دارد و یکی از مهمترین کاروانسراها در این منطقه محسوب می‌شود.
کاروانسرای ایزدخواست در زمینی به مساحت ۴۰۰۰ متر بنا شده است. در ردیف جلوی این کاروانسرا در اطراف حیاط در ضلع های شمالی و شرقی و همچنین جنوبی ۲۰ باب اتاق در ابعاد ۳×۳ متر ساخته شده است که هر اتاق دارای ایوانی به مساحت ۷/۵ متر می‌باشد.
گفته می‌شود کاروانسرای ایزدخواست یکی از ۹۹۹ کاروانسرایی است که شاه عباس صفوی در دوران خود بنا کرده است.
کاروانسرای شاه عباس ایزدخواست نیز که در محدوده این آثار تاریخی قرار دارد مانند قلعه ایزدخواست دچار محرومیت‌های مشابه‌ای شده است.
این کاروانسرا از لحاظ زیبایی و استحکام و وسعت یکی از کاروانسراهای نمونه در نوع و زمان خود است.
از نظر استحکام، این بنا از قلعه ایزدخواست شرایط بهتری دارد اما آنچه در مورد محافظت از تخریب بنا نمایان است نگهداری از بخشهایی از بنا به وسیله تیرهای چوبی است که به نظر نمی رسد چندان مطابق با اصول علمی باشد.