به گزارش پایگاه اطلاع رسانی شبکه العالم به نقل از روزنامه الحیات يک گروه ضربتي به دستور قذافي ماموريت به قتل رساندن ژنرال يونس را برعهده داشته است. کشته شدن او به گفته تحليل‌گران، بيشتر به انتقام‌جويي شبيه است.
رهبران سياسي انقلابيون ليبي درباره ابهام هاي موجود در خصوص کشته شدن او با يکديگر اختلاف نظر دارند. برخي از آنها بر اين باورند که گروهي از انقلابيون اسلامگرا در پشت کشته شدن او قرار دارند و برخي ديگر نيز اين احتمال را رد مي کنند و درباره کشته شدن او پس از احضار براي تحقيق ابراز شک و ترديد دارند.
به نوشته روزنامه الحيات، با وجود اينکه قبيله او يعني قبيله العبيدات در مراسم تشييع پيکر او اعلام کرد که از شوراي ملي انتقالي پيروي خواهد کرد، اشرف يکي از فرزندان سرلشکر يونس در اين خصوص گفت: ما خواهان بازگشت مجدد قذافي و پرچم سبز هستيم که اين موضوع نشان مي دهد بخشي از قبيله العبيدات در شرق ليبي همچنان طرفدار قذافي است. گفته مي شود برخي از انقلابيون درصدد تحقيق و بازجويي از عبدالفتاح يونس بودند و به او مشکوک بودند که خود او يا برخي از اعضاي خانواده اش با رژيم قذافي در ارتباط است.
در همين حال يک مسئول بلندپايه در شوراي انتقالي اعلام کرد که يك گروه شبه نظامي موسوم به 'تيپ عبيدة بن الجراح' پس از اينکه براي احضار او جهت بازجويي رفته بودند او را کشته و بخش هايي از جسد او را آتش زده اند.
از سوي ديگر مصطفي عبدالجليل رئيس شوراي انتقالي ليبي ارتباط گردان 17 فوريه با ترور عبدالفتاح يونس را رد و گفت: اين شورا کميته‌اي مستقل متشکل از برخي قضات را درباره بررسي قتل ژنرال تشکل داده است.