اسماعیل بقائی دوشنبه شب سوم شهریور ۱۴۰۴ در واکنش به درج صحبت‌های سه سال قبل علی مطهری در شبکه سوشال تروث (با هدف زیر سوال‌بردن ماهیت صلح‌آمیز برنامه هسته‌ای ایران) در شبکه ایکس نوشت: «دونالد جان ترامپ رئیس‌جمهور ایالات متحده آمریکا، در تقلای بی‌وقفه خود برای توجیه حمله غیرقانونی آمریکا به تاسیسات هسته‌ای صلح‌آمیز ایران، آگاهانه شهادت مدیر ارشد اطلاعاتی خود نزد کنگره آمریکا در ماه مارس ۲۰۲۵ مبنی بر اینکه ایران به دنبال ساخت سلاح هسته‌ای نیست را نادیده می‌گیرد و در عوض به تحلیل شخصی یک شهروند ایرانی در سال ۲۰۲۲ استناد می‌کند؛ این امر اثبات‌کننده ماهیت سیاسی و نه واقعی ادعاهای وی می‌باشد.»