قرضاوی که از او به عنوان رهبر معنوی سازمان جهانی اخوان المسلمین یاد می شود ، در بیانیه خود روند برکناری محمد مرسی رئیس جمهوری آن کشور را کودتا دانسته و اظهار داشته بود که تیم کودتا به رهبری سرتیپ عبدالفتاح السیسی وزیر دفاع، به کمک افرادی که نماینده ملت مصر نیستند، اقدام به برکناری مرسی کردند. وی در میان این افراد به نام "احمد الطیب" شیخ الازهر اشاره کرده بود.
دانشگاه الازهر در بیانیه اش اعلام کرد که باید حقایقی را درباره بیانیه قرضاوی تبیین کرد که اظهارات وی مصداق بی عدالتی و قضاوت عجولانه درباره تظاهرات میلیون ها مصری در روز 30 ژوئن (با هدف مطالبه کناره گیری مرسی) است؛ زیرا وی در بیانیه خود برکناری مرسی را که در نتیجه قیام مردم صورت گرفت، کودتای نظامی دانسته است.
الازهر در ادامه به دفاع از موضع احمد الطیب رئیس این دانشگاه درباره روند برکناری مرسی اشاره می کند و می نویسد: شیخ الازهر نمی توانست به فراخوانی که همه احزاب و نیروهای ملی و شخصیت های مذهبی و حتی اعضای حزب آزادی و عدالت وابسته به اخوان المسلمین به آن دعوت شده بودند، سرباز بزند و این فراخوان در یک لحظه تاریخی بسیار حساس اعلام شده بود که عدم پاسخگویی به آن، خیانت تلقی می شد و پاسخ به ملتی بود که روز سی ام ژوئن به شیوه کاملا مسالمت آمیز و متمدنانه به بیان خواسته خودشان پرداخته بودند. بی تردید این حرکت مردم با انقلاب آنها در 25 ژانویه 2011 هیچ تفاوتی نداشت.
ثانیا: فتوای قرضاوی مبنی بر ضرورت بازگشت مرسی به مسندش، فقط منعکس کننده دیدگاه کسانی است که آنها را تأیید می کند. اما بیشتر مردم در گذشته و حال درباره حکومت کردن و سیاست به نام دین اختلاف نظر دارند. به طوری که شهرستانی در این باره می گوید: آن اندازه که در همه دوره ها برای حکومت شمشیرها برکشیده شده اند، هرگز برای دفاع از یک قاعده و حکم دینی اقدام نشده است.
از سوی دیگر جایگاه شیخ الازهر، فراتر از آن است که از گروهی علیه گروه دیگری حمایت کند و بی تردید همگان از میزان تلاش وی برای جلوگیری از رسیدن اوضاع کشور به شرایط کنونی اطلاع دارند. بی تردید باید علت وضعیت کنونی را از مسببان واقعی آن پرسید. از سوی دیگر همگان باید درباره بیانیه ها و تلاش های پیدا و پنهان شخصیت های دینی مصر برای جلوگیری از به وجود آمدن بحران و حل آن اطلاع یابند.
ثالثا: موضع شیخ الازهر همواره براساس اصول ملی ثابت این دانشگاه بوده است که با اهداف و احکام شریعت و فهم عمیق متون دینی تناسب دارد و وی به جای گوشه خلوت گزیدن در بحران کنونی، حکم دین را در این باره بیان و برای اجرای آن تلاش کرده اند. از سوی دیگر همواره تلاش کرده است تا اصول ثابت و قواعد شرعی را در نظر بگیرد. فرهیخته آن کسی است که به امور زمانه خود آگاه باشد نه اینکه فقط خیر و شر را از همدیگر تشخیص دهد. بلکه تشخیص اولویت میان بد و بدتر نشانه معرفت و شناخت حقیقی است.
رابعا: بخشی از واژگان، عبارات، عیبجویی ها و طعنه های مذکور در فتوای قرضاوی جز به معنای دست داشتن در فتنه و منتشر کردن بی احترامی ها در میان امت اسلامی و نمایندگان و شخصیت های آنها نیست. با این وجود الازهر از هر گونه پاسخ گویی به آنها خودداری خواهد کرد. خداوند می فرماید: {قُلْ كُلٌّ يَعْمَلُ عَلَى شَاكِلَتِهِ فَرَبُّكُمْ أَعْلَمُ بِمَنْ هُوَ أَهْدَى سَبِيلًا} یعنی بگو: «هر كس بر حسب ساختار [روانى و بدنى] خود عمل مىكند، و پروردگار شما به هر كه راهيافتهتر باشد داناتر است.» سوره اسراء آیه 84
یادآور می شود به دنبال تظاهرات میلیون ها نفر از مردم مصر و به وجود آمدن بن بست سیاسی در آن کشور، عبدالفتاح السیسی وزیر دفاع مصر در یک جلسه مشترک با شیخ الازهر، رهبر قبطی ها، رهبر حزب سلفی نور، محمد البرادعی به نمایندگی از احزاب مخالف و چند تن از نمایندگان جوانان انقلابی و جنبش تمرد، با قرائت بیانیه ای محمد مرسی رئیس جمهوری اخوانی آن کشور را برکنار و اداره امور کشور را به رئیس دادگاه قانون اساسی کشور واگذار کرد. مشارکت شیخ الازهر - که مورد احترام عامه مردم مصر است - در این جلسه خشم طرفداران اخوان المسلمین را به همراه داشته است.