این دانشگاه که از بدو تأسیس فراز و فرودهاي فراوانی را طی كرده، با اشراف هيئت مؤسس و به وسیله هيئت امنا اداره می‌شود و ریاست عالیه آن با معرفی هيئت امنا و با رأی شورای‌عالی انقلاب فرهنگی این مجموعه را مدیریت مي‌كندو به رتق‌وفتق امور آن می‌پردازد.
جناب آقای دکتر میرزاده که هم یک چهره برجسته و ممتاز علمی است و هم کوله‌بار سنگینی از تجربه و مدیریت را دارد، با نظر و تشخیص مرحوم آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی و اکثریت اعضای هيئت امنا ابتدا به سرپرستی و سپس ریاست دانشگاه آزاد اسلامی انتخاب شدند و در نهایت هماهنگی با هيئت مؤسس و هيئت امنا، آن دانشگاه را در مدت تصدی اداره كردند و خدمات شایانی خصوصا در جهت ارتقای کیفیت و تقویت بنیه علمی آن انجام داده‌اند.بعد از ارتحال مرحوم آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی جناب آقای دکتر ولایتی که ایشان هم از ذخایر پرافتخار و از چهره‌های علمی کشور هستند از ناحیه مقام معظم رهبری منصوب شدند.
با انتخاب ایشان در هيئت‌های مؤسس و امنا و ریاست بر این دو هيئت به طور طبیعی فضای فکری متفاوت و نیز شیوه‌های مدیریت جدیدی حاکم می‌شود که از همان روزهای اول ناسازگار می‌نمودند. در این مدت رایزنی‌های زیادی از ناحیه بعضی بزرگان به عمل می‌آمد که جناب آقای میرزاده روش مدیریتی و اجرائي خود را با فضای حاکم همراه و سازگار کند، ولی ایشان به‌شدت مقاومت كرده و معتقد بودند که من باید مستقل باشم و در چارچوب قانون عمل کنم و سرانجام چهار نفر از اعضای هيئت امنا از جناب آقای دکتر ولایتی درخواست جلسه فوق‌العاده کرده و بعد از بحث و بررسی‌های زیادی که به عمل می‌آید، اکثریت به این نظر می‌رسند که هماهنگی مطلوب و لازم بین مدیریت و ناظران وجود ندارد و این وضع قابل ادامه نیست. علیهذا به ایشان پیشنهاد می‌شود در مدت یک هفته استعفا دهد والا برکنار می‌شود و او استعفا را نمی‌پذیرد و برکنار می‌شود و جناب آقای دکتر علی‌محمد نوریان که ایشان هم از چهره‌های برجسته علمی و تجربی و دارای سوابق درخشان خدمت است، به سرپرستی انتخاب می‌شود.